Pada tahun ajaran 2024/2025 MI Muhammadiyah Kalitengah menggunakan Kurikulum 2013 dan Kurikulum Merdeka yang dipadukan dengan Kurikulum Kepesantrenan yang yang meliputi Materi : Nahwu, Tahaji Imla, Qur’an Terjemah. Kelas 1, 2, 4 dan 5 menggunakan Kurikulum Merdeka, sedangkan kelas 3 dan kelas 6 masih menggunakan Kurikulum 2013.

Adapun struktur Kurikulum MI Muhammadiyah Kalitengah sebagai berikut: